Trong khi phần lớn các gia tộc đều bằng lòng với vị trí mới của mình, có những gia tộc, đặc biệt là những người ở phía Tây, cay đắng vì việc bị thuyên chuyển lãnh địa hay cảm thấy việc bại trận hay bị trừng phạt là một sự sỉ nhục. Ba gia tộc sau trận Sekigahara bị thiệt hại nặng nề:

• Gia tộc Mori, đứng đầu là Mori Terumoto, vẫn giận dữ với Mạc phủ Tokugawa vì phải chuyển khỏi thái ấp của mình, Aki, và được phân cho lãnh địa Chōshū, mặc dù gia tộc này không hề tham gia vào trận đánh này.
• Gia tộc Shimazu, đứng đầu là Shimazu Yoshihiro, việc thu thập thông tin tình báo yếu kém, và họ vẫn không bị thuyên chuyển khỏi tỉnh nhà Satsuma, họ vẫn không hoàn toàn trung thành với Mạc phủ Tokugawa. Tận dụng lợi thế là xa Edo và ở trên đảo Kyushu cũng như tăng cường công tác thám báo, gia tộc Shimazu công khai tuyên bố rằng đây gần như là một vương quốc tự trị độc lập khỏi Mạc phủ Tokugawa.
• Gia tộc Chosokabe, đứng đầu là Chosokabe Morichika, bị lột bỏ tước hiệu và lãnh địa ở Tosa và bị lưu đày. Các thuộc hạ cũ của Chosokabe không bao giờ phục vụ cho những người mới đến, gia tộc Yamauchi, tạo ra sự khác biệt giữa các thuộc hạ của họ với các thuộc hạ cũ của Chosokabe, khiến họ phải chịu địa vị thấp hơn cũng như sự phân biệt đối xử. Việc phân biệt đẳng cấp này tiếp diễn hàng thế hệ cho đến khi gia tộc Chosokabe sụp đổ.

Hậu duệ của ba gia tộc này hai thế kỷ sau đã cộng tác để lật đổ Mạc phủ Tokugawa, dẫn đến cuộc Minh Trị Duy Tân.